Духовна семінарія та духовне училище губернського Чернігова вийшли з Чернігівського Колегіуму (1700 р.). Черні́гівський колегіум — один із найстаріших середніх навчальних закладів в Україні.
Колегіум заснований у 1700 році на базі слов'яно-математичної школи, переведеної з Новгорода-Сіверського. Фундатором колегіуму був Чернігівський архієпископ, а згодом – митрополит Тобольський, Іоанн Максимович.
У 1776 р. шляхом реорганізації Чернігівського колегіуму створено Чернігівську духовну семінарію.
Саме ж училище засноване 1817 року при Чернігівській семінарії, де воно й розміщувалося до 1871 р. у колишній садибі гетьмана Павла Полуботка, за річкою Стрижень.
Після реформи духовно-навчальних закладів 1867 р., згідно з новим статутом, училище було відокремлено від семінарії. Для нього було виділено семінарський кам'яний «малий корпус», де й розмістилися 4 класи училища. Але він виявився непридатним для використання в подібних цілях. Ніде було розмістити канцелярію, бібліотеку, архів, лікарню та ін. Студентів на той час було понад триста. Керівництвом училища було прийнято рішення взяти в оренду найбільш підходяще приміщення, але в ньому не вистачило житлових приміщень для всіх вихованців, і вони були розквартовані в місті.
У 1879 році було збудовано власну будівлю на території Єлецького Успенського монастиря, із західного боку, поряд із залишками Чорної могили.
У 1901 році було завершено роботи з прибудови житлових корпусів, у верхніх поверхах яких розміщувалися актова зала, бібліотека та клас для підготовчої групи, у нижньому – спальні, а у підвальному – квартири економа, письменника та кімнати для служителів.
Для допомоги незаможним учням у 1890 р. при Чернігівському єпископі Веніаміні (Биківському) (1882-1893 рр.) було засновано благодійне товариство преподобного Веніаміна. Тоді ж було зібрано першу суму – 200 крб.
Після подій 1917 р. училище припинило свою діяльність і було закрито. У будівлі, що належала ЧДУ, в різні часи розміщувалися – школа ім. Войкова, гуртки палацу піонерів, гуртожиток Облрембудтресту, ДК «Будівельників».
У 1989 р. училище відновило свою діяльність на території Свято-Троїцького монастиря.
Саме тут, у старовинній будівлі колишнього Архієрейського будинку, до 2023 р. розміщувалося училище. На перший курс тоді вступило 70 осіб. Вікових обмежень майже не було: тут були ті, кому не виповнилося 18 років, і ті, кому далеко за 40.
Нині воно продовжує свою діяльність на території Храму-комплексу Всіх святих Чернігівських, де безоплатно орендує у парафії окреме приміщення.
